Na zlecenie Centrum Medycznego Kształcenia Podyplomowego w Warszawie od 1978 r. w Klinice odbywały się ogólnokrajowe kursy doskonalące dla ordynatorów oddziałów chirurgicznych i ich zastępców. Tematykę kursów stanowiły postępy w chirurgii gruczołu tarczowego, choroby wrzodowej żołądka i dwunastnicy oraz w chirurgicznym leczeniu chorób trzustki, z włączeniem zajęć praktycznych na sali operacyjnej. Również na zlecenie CMKP Klinika od 5 lat organizuje corocznie po dwa ogólnopolskie kursy atestacyjne do egzaminu specjalizacyjnego II stopnia z chirurgii ogólnej. Od 3 lat Klinika przeprowadza indywidualne szkolenie chirurgów w operacjach laparoskopowych.

Od początku reformy kształcenia podyplomowego lekarzy w Polsce, Klinika posiada akredytację Ministerstwa Zdrowia jako jednostka uprawniona do prowadzenia szkolenia specjalizacyjnego oraz Klubu Koloproktologii do prowadzenia szkolenia w tym zakresie. W 2005 roku w Klinice odbędą się kursy pod auspicjami CMKP w zakresie chirurgii laparoskopowej, endokrynologicznej oraz kurs wprowadzający dla rozpoczynających specjalizacje z chirurgii ogólnej. W chwili obecnej w Klinice szkoli się 14 osób będących w trakcie specjalizacji z chirurgii ogólnej "starym" i "nowym" trybem.

Wraz z rozpoczętym w 1993 r. przez Akademię Medyczną kształceniem lekarzy rodzinnych Klinika koordynuje i prowadzi dla nich wykłady i zajęcia praktyczne z chirurgii ogólnej przygotowujące do egzaminu państwowego. W Przyklinicznej Poradni dla Chorych ze Stomią odbywają się systematyczne szkolenia z opieki pielęgnacyjnej dla lekarzy rodzinnych i średniego personelu medycznego.